Kuran'ın üç ayrı suresinde Hz. Zekeriya'nın dualarından bahsedilir. Yaşı ilerlemişolan Hz. Zekeriya, kendi ardından kavmi içinde imanı ayakta tutması için Allah'tan bir varis istemiştir. Kendisi çocuk sahibi olmak için oldukça yaşlı, karısı ise kısır olduğu için varisi yoktur ve Allah'a duada bulunmuştur:
Hani o, Rabbine gizlice seslendiği zaman; Demişti ki: “Rabbim, şüphesiz benim kemiklerim gevşedi ve baş, yaşlılık aleviyle tutuştu; ben sana dua etmekle mutsuz olmadım. Doğrusu ben, arkamdan gelecek yakınlarım adına korkuya kapıldım, benim karım da bir kısır (kadın)dır. Artık bana Kendi Katından bir yardımcı armağan et. Bana mirasçı olsun. Yakup oğullarına da mirasçı olsun. Rabbim, onu razı olunan kıl.” (Meryem Suresi, 3-6)
Orada Zekeriya Rabbine dua etti: “Rabbim, bana Katından tertemiz bir soy armağan et. Doğrusu Sen, duaları işitensin” dedi. (Al-i ımran Suresi, 38)
Zekeriya da; hani Rabbine çağrıda bulunmuştu: “Rabbim, beni yalnız başıma bırakma, Sen mirasçıların en hayırlısısın.” (Enbiya Suresi, 89)
Ayette Hz. Zekeriya'nın Allah'a gizlice seslendiği bildirilmektedir. Bu, samimiyetin en büyük göstergelerinden biridir. Nitekim Allah, Kendisine bu tür bir samimiyet içinde çağrıda bulunan Hz. Zekeriya'nın duasını kabul etmiştir:
Onun duasına icabet ettik, kendisine Yahya’yı armağan ettik, eşini de doğurmaya elverişli kıldık. Gerçekten onlar hayırlarda yarışırlardı, umarak ve korkarak Bize dua ederlerdi. Bize derin saygı gösterirlerdi. (Enbiya Suresi, 90)
(Allah buyurdu:) “Ey Zekeriya, şüphesiz Biz seni, adı Yahya olan bir çocukla müjdelemekteyiz; Biz bundan önce ona hiçbir adaşkılmamışız.” (Meryem Suresi, 7)
O mihrapta namaz kılarken, melekler ona seslendi: “Allah, sana Yahya’yı müjdeler. O, Allah’tan olan bir kelimeyi (ısa’yı) doğrulayan, efendi, iffetli ve salihlerden bir peygamberdir.” (Al-i ımran Suresi, 39)
Ayetlerin devamında bildirildiğine göre, Hz. Zekeriya Allah'ın duasına karşılık ileri yaşına rağmen kendisine bir erkek evlat bağışlamasına şaşırır. Kendisine müjdeyi ileten melek ise O'na Allah'ın kudretini hatırlatır:
Dedi ki: "Rabbim, karım kısır (bir kadın) iken, benim nasıl oğlum olabilir? Ben de yaşlılığın son basamağındayım." (Ona gelen melek:) "ışte böyle" dedi. "Rabbin dedi ki: - Bu Benim için kolaydır, daha önce sen hiçbir şey değil iken, seni yaratmıştım." (Meryem Suresi, 8-9)